Ngày 5 tháng 1 năm 1968, Pueblo rời căn cứ Hải quân Hoa Kỳ, Yokosuka, Nhật Bản, quá cảnh tới căn cứ hải quân Hoa Kỳ tại Sasebo, Nhật Bản; từ đó, nó rời đi vào ngày 11 tháng 1 năm 1968, đi về phía bắc qua eo biển Tsushima vào biển Nhật Bản. Tàu rời đi với các mệnh lệnh cụ thể để ngăn chặn và tiến hành giám sát hoạt động của Hải quân Liên Xô ở eo biển Tsushima và thu thập tín hiệu và tình báo điện tử từ Triều Tiên.[8] SIGAD được giải mật cho Direct Support Unit (DSU) của National Security Agency (NSA) từ Naval Security Group (NSG) trên Pueblo trong cuộc tuần tra liên quan đến vụ việc là USN-467Y.[9] AGER (Auxiliary General Environmental Research) biểu thị một chương trình chung của Cơ quan an ninh quốc gia và hải quân.[10]

Ngày 16 tháng 1 năm 1968, Pueblo đến vĩ tuyến 42°Bắc, để chuẩn bị cho cuộc tuần tra. Khu vực tuần tra là quá cảnh xuống bờ biển Bắc Triều Tiên từ 41° Bắc đến 39°Bắc, sau đó chuyển trở lại, với mục tiêu không tiến gần hơn 13 hải lý đến bờ biển Bắc Triều Tiên, và vào ban đêm di chuyển ra xa từ 18 đến 20 hải lý. Điều này thật khó khăn khi chỉ có hai thủy thủ có kinh nghiệm điều hướng tốt, sau đó thuyền trưởng đã báo cáo "Tôi không có một nhóm thợ may chuyên nghiệp cao để làm công việc điều hướng cho tôi".

Vào lúc 17:30 ngày 20 tháng 1 năm 1968, một tàu săn ngầm lớp SO-1 kiểu Liên Xô đã được sửa đổi của Triều Tiên đã vượt qua trong phạm vi 4.000 thước Anh (3,7 km) của Pueblo, cách đó khoảng 15,4 hải lý (28,5 km)[Chuyển đổi: Số không hợp lệ] về phía đông nam của Mayang-do ở vị trí 39 ° 47'N và 128 ° 28,5'E. Chiều ngày 22 tháng 1 năm 1968, hai tàu đánh cá của Triều Tiên Rice Paddy 1 và Rice Paddy 2 đã vượt qua trong vòng 30 thước Anh (27 m) của Pueblo. Ngày hôm đó, một đơn vị Bắc Triều Tiên đã thực hiện một vụ ám sát trong "Nhà xanh" nhằm vào Tổng thống Hàn Quốc Park Chung-hee, nhưng các thuyền viên của Pueblo không được thông báo.[8]